En Auvergne, le Cemagref mène des recherches autour de deux axes :
 il travaille sur des innovations technologiques pour l’agriculture raisonnée et l’environnement  ;
 il fournit des outils et méthodes d’aide à la décision, réalise des essais et des actions de normalisation, apporte sa capacité d’expertise, en collaboration avec les acteurs du développement régional et de l’aménagement du territoire, sur le devenir des territoires ruraux.

Le Cemagref est partenaire du PSDR (Programme Pour et Sur le Développement Régional).

Ses activités de recherche et d’expertise sont conduites au sein des unités de recherche suivantes, à compétence nationale :
 Technologies et systèmes d’information pour les agrosystèmes (TSCF) ;
 UMR Métafort AgroParisTech-Cemagref-Enita-Inra (Mutations des activités, des espaces et des formes d’organisation dans les territoires ruraux) - Site : https://metafort.cemagref.fr ;
 Laboratoire d’Ingénierie pour les Systèmes Complexes (LISC).

Le Centre de Clermont-Ferrand est implanté sur deux sites : Aubière (63) et Montoldre (03).